Aven Colony đã được phát triển trong hai năm rưỡi. Phiên bản beta được phát hành vào ngày 8 tháng 9 năm 2016 trên Itch.io và phiên bản đầy đủ của trò chơi đã được phát hành để tải xuống vào ngày 25 tháng 7 năm 2017 trên Steam, Itch.io, Xbox One và PlayStation 4.[6][8] Một phiên bản đóng hộp đã có sẵn từ ngày 1 tháng 8 năm 2017.

Kể từ khi phát hành trò chơi đã có nhiều bản cập nhật nhỏ bổ sung các tính năng mới, cải thiện hiệu suất và sửa lỗi. Bản cập nhật lớn đầu tiên được phát hành cho PC vào ngày 31 tháng 8 năm 2017 và được gắn nhãn là "Content drop one". Bản cập nhật này bổ sung thêm 11 công trình mới bao gồm; một thang máy vũ trụ, một đơn vị khử độc và các công trình trang trí mới. Bản cập nhật này cũng có một bản đồ sandbox mới có tên là "Serpent Isle" và một hệ thống giao thông mới sử dụng xe bay.[9][10] Bản content drop này đã được phát hành cho Playstation 4 và Xbox One vào ngày 19 tháng 12 năm 2017.[11][12]

Bản cập nhật lớn thứ hai cho game được phát hành cho PC vào ngày 5 tháng 12 năm 2017. Bản cập nhật này được dán nhãn là "Content drop two: The Expedition Update". Bản cập nhật này chủ yếu tập trung vào việc cho phép mở rộng thuộc địa của người chơi đến các thuộc địa phụ trên toàn thế giới. Như vậy, các tính năng mới bao gồm bốn loại khu định cư từ xa khác nhau, một tòa nhà mới cho các khu định cư từ xa có tên là "The colony terminal", loại phi thuyền lớn được dùng để xây khu định cư từ xa, một trung tâm thám hiểm hai tầng mới. Có nhiều cải tiến cho góc quay camera giúp chuyển đổi dễ dàng hơn giữa các góc nhìn khác nhau và góc quay camera vệ tinh mới đã được thêm vào. Góc nhìn bản đồ thế giới được cải thiện hơn nữa và hiện lên cho người chơi thấy các mối đe dọa xảy đến trước khi chúng ập tới thuộc địa. "The Cult of the Seterdari" là một kẻ thù mới có thể tấn công thuộc địa bằng cách sử dụng những loại tàu bay của chúng. Bản cập nhật này cũng bao gồm các cải tiến cho hình dạng mặt nước cũng như sửa nhiều lỗi khác trong game.[3][13]